提高化肥利用率，有效的微生物菌肥可以分解土壤中的有機物，腐殖酸是在有機物分解過程中形成的，土壤中的腐植酸和氮形成腐植酸銨，可以減少氮肥的流失，鉀溶性和磷溶性細菌可將固化的化學鉀肥和化學磷肥分解成有效鉀和磷，提高其利用率，減少生產投入，減少資源浪費。

       改善土壤養分，可以促進土壤中不溶性養分的溶解和釋放，提高土壤養分的供給能力，有效細菌分泌的胞外多糖是土壤團聚體結構的粘合劑，能增強土壤團聚體結構，疏松土壤，提高土壤滲透性和水土保持能力，增加土壤有機質，激活土壤中潛在的養分，改善土壤養分供應。