微生物菌劑在作物生長過程有效預防真菌病害，可以促進植物中一些重要次生物質的合成，如木質素、異黃酮植物保護素和對病原體有害的醌類，因此，它能顯著增強植物的抗病性。

       土壤環境的恢復與改善，可以改善土壤環境，增加土壤養分，促進土壤有益微生物的繁殖，抑制土壤有害真菌的生長，能促進土壤中細菌和放線菌的增殖，對真菌有很好的抑制作用，隨著有機質的腐殖化，可以促進土壤中有效腐殖質的形成，雙向調節土壤酸堿度，減少土壤鹽漬化和酸化的危害。

       有效促進作物生長，各種有機酸可以顯著增加土壤中游離鈣和磷離子的含量，土壤施用能有效促進有機質的腐殖化，為作物提供持續的營養。

       施用于土壤時，其代謝產物中的有機酸能有效吸附和鈍化土壤中的重金屬離子，對鎘、鉛、銅和砷有很強的吸附和鈍化能力，能有效降解土壤中的有機磷農藥，降低作物中的農藥殘留。