注意使用時間，無論是微生物肥料還是菌劑，施用時間一般是清晨或多云的天氣，微生物制劑中的芽孢桿菌不能直接暴露在陽光下，這會影響其繁殖、代謝等活動，甚至失活，需要避免在炎熱的天氣里使用。

       微生物肥料不應長期放置，應在使用時購買，使用前，應存放在陰涼、干燥、通風的地方，避免高溫、潮濕和陽光直射，肥料開封后，應一次性用完，否則會導致其他細菌進入并污染肥料中的細菌。

       注意不要隨意混合肥料，雖然細菌可以與化肥和有機肥混合，但這并不意味著它們可以隨意混合，當肥料中氮、磷、鉀等元素的總含量超過一定程度時，細菌的活性將受到很大程度的抑制，當化學肥料和細菌肥料混合時，我們建議在使用時混合它們，如果菌肥中的細菌對化肥有良好的耐受性，它們可以混合使用。

       微生物制劑不應與能殺死有益細菌的物質一起使用，由于微生物制劑中含有大量有益的活菌，嚴禁與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑、含硫肥料混合，因為這些殺蟲劑或肥料中的物質很容易導致細菌失活，導致其效果喪失。