1、微生物菌肥能有效預防作物生長過程中的各種真菌病害
       微生物菌肥在發酵過程中可以生產多種抗菌物質，這些物質能有效抑制農作物的病原菌，這些酶的活化可以促進一些重要植物次生物質的合成，如木質素、異黃酮植物抗毒素、對病原體有害的醌類，它能顯著增強植物的抗病性。
        2、修復和改善土壤環境
       能夠改善土壤環境，增加土壤養分，促進土壤有益微生物的繁殖，抑制土壤有害真菌的生長，促進土壤中細菌和放線菌的增殖，對真菌有很好的抑制作用，隨著有機質的腐殖化，可以促進土壤中有效腐殖質的形成，以兩種方式調節土壤的酸堿度，減少土壤鹽堿化和酸化的危害。
       3、有效促進作物生長
       在核心菌株發酵過程中，微生物菌肥可以產生植物生長素物質，其代謝產物中的許多有機酸可以顯著增加土壤中游離鈣和磷離子的含量，土壤的施用能有效促進有機質的腐殖化，為作物提供持續的營養。
       4、減少土壤中的重金屬和農藥殘留
       其代謝產物中的有機酸能有效吸附和鈍化土壤中的重金屬離子，能有效降解土壤中的有機磷農藥，降低作物中的農藥殘留。